Tornò da Torino con l’entusiasmo ravvivato dall’esperienza salesiana fra i giovani, ma anche col cuore segnato profondamente dalla visione e dal contatto con la Piccola Casa del Cottolengo e col p. Anglesio. Al momento prevalse il desiderio di avviare un’istituzione per giovani e ragazzi di tipo salesiano. II Vescovo l’accolse indicandogli come campo di ministero la parrocchia di Traona (1.200 anime, nella bassa Valtellina) in aiuto al parroco vecchio e ammalato, di carattere anche piuttosto difficile e non rassegnato a cedere lavoro; il ministero non era molto; c’era pero un vecchio convento abbandonato o altre case adatte: «vedesse e provasse» diceva il Vescovo senza molta convinzione.
Si aprivano anni di speranze: invece furono gli anni più penosi della sua vita. Tra l’ottobre 1878 e il novembre 1881: pochi anni difficili a Traona, poi i tristi mesi del 1881, affidato alla bontà accogliente di amici per un quaresimale a Morbegno, la predicazione dei mesi di maggio e giugno a Milano, un altro mese o poco più a Gravedona, infine relegato fra monti e parrocchie alpine a Olmo (a 1.050 metri di altezza, con 370 anime) nell’autunno; da ultimo, ma non finalmente, a Pianello Lario sul lago di Como verso il 10 novembre 1881.
I contrasti a Traona cominciarono un po’ col parroco, per l’esuberante sua attività e l’entusiasmo della popolazione in favor suo, e un po’ con un gruppetto di anticlericali del luogo che si agitarono quando videro aprirsi il piccolo collegio nel convento di S. Francesco, che sembrò partir bene, era gradito e utile. Ma si ricorse alle vecchie chiacchiere di Savogno: esaltato, scialacquatore, antipatriota, sospetto anche alla curia per la sua severità; si fece correr voce che gli avrebbero perfino sospeso la facoltà di confessare e che fosse in discordia con i confratelli che invece si dimostravano pronti a ogni aiuto. A Como, la Curia era divisa fra la stima per il sacerdote e il timore di scontri con l’autorità civile: c’erano già troppe occasioni di scontri e contrasti. Gli sembrò di esser abbandonato quando, ritirandosi il parroco, la Curia gli impose la rinuncia al titolo di economo spirituale; allora si impegnò apertamente perché il popolo optasse per l’amico e compagno don Nicola Silvestri: si vide ancora il prete intrigante e politicante e qualcuno sporse denuncia, «col rischio di una cattura, sorveglianza ridicola in casa e in chiesa e dappertutto...».
Ma l’opera continuava. II giornale diocesano, «L’Ordine», ne scriveva con elogi: gli alunni erano stimati e apprezzati per la loro preparazione e partecipazione; mentre il Guanella «attendeva a Dio e al popolo con impegno e prudenza. Dolce senza deboli accondiscendenze, forte senza bruschezze e indefesso nel lavoro come fu riconosciuto da tutti». Trovava il tempo di scrivere qualche libretto: un commento al Padre nostro e alle beatitudini (Andiamo al Padre e Andiamo al monte della felicità). II tema del Padre nostro gli diventerà sempre più caro e scriverà quattro commenti, nei suoi catechismi per il popolo.
Nel febbraio 1881 il collegio fu fatto chiudere, col pretesto di mancato rinnovo di autorizzazione; la vita gli fu resa più difficile, privandolo del già misero stipendio. Alcuni fatti danno la misura della tensione che era andata crescendo attorno a lui.
Nella pratica per il permesso governativo di economo spirituale, i carabinieri furono sollecitati a raccogliere notizie sul suo conto ed emersero i ricordi delle sue idee politiche: si diceva che dal pulpito parlasse male del risorgimento del ‘48 e delle autorità; «ma non ho potuto trovare – dice la relazione – persona alcuna che si risolvesse di confermare in iscritto quanto ebbero a udire; aveva messo insieme forze potenti per acquistare e avviare il collegio, mentre il suo interesse era di clericalizzare gli alunni, visto che la retta richiesta era così esigua», comunque, concludeva: «Disporrò in seguito sempre o sovente che una pattuglia si rechi a udire le sue prediche per avvalorare il suesposto e quindi riferire ogni emergenza sul riguardo. Sarà mia cura di assistere il più che possibile io stesso a tali prediche» (4 agosto 1880). Così, ancora per il quaresimale di Morbegno nel 1881 ebbe l’onore delle armi. II placet gli fu negato, negato lo stipendio, spinto a lasciare Traona. A Como, in Curia, si convenne di trarlo un poco in disparte; gli diceva il Vicario generale: «Non sapete che la prima virtù è la calma?». II Vescovo lo inviò allora a Olmo, quasi fuori del mondo; poi lo vide in occasione di una visita per cresime a Campodolcino il 13 settembre 1881: «Non posso sospendervi perché non ho argomento, ma lo farei se potessi». Don Guanella annota di suo pugno: «I1 don Guanella vistosi ricevuto in udienza per ultimo e sentirsi rimproverare in paese suo quasi in casa sua mentre era accorso per ossequiare il Superiore, si sentì amareggiato, e ne parlò con il fratello Tommaso con rincrescimento e tutto e tosto finì li». Affiorava il sentimento dello scoraggiamento e della solitudine, ma studiava, meditava e pregava.
Poi il Vescovo decise di chiamarlo in provincia di Como a Pianello Lario ove era stata fondata da poco un’opera per bambine orfane e per anziane, affidate a un gruppo di suore, messe assieme dal defunto parroco don Carlo Coppini. Ma, quando don Guanella vi arrivò come parroco, trovò chiusa la porta dell’istituzione: era già stata affidata al parroco del paese vicino; del Guanella meglio non parlarne. Confusione di giurisdizioni parrocchiali, o timore, o beffa? Don Guanella pensò che era ormai ora di pensare ai fatti suoi: don Bosco, i salesiani l’aspettavano pur sempre; restava l’ostacolo del Vescovo che non voleva saperne. Così maturo l’idea d’un ricorso a Roma, alla Congregazione dei Vescovi; vi esponeva il suo caso e concludeva: «In questo stato di cose io prego Dio che mi tenga lontano ogni pensiero il quale sia meno che rispettoso al mio superiore. Ma mi sento in cuore di dire che forse fin qui l’Ordinario usò troppo del mio abituale ossequio. E di questo non è che mi dolga per me. Mi duole per non poter seguire quella vocazione che non cessa di farsi sentire continua nel mio cuore». Chiedeva quindi il permesso di tornare da don Bosco. Aveva ancora il dubbio di aver lasciato don Bosco «trascurando una grazia grande, nell’aver posposto il consiglio di don Bosco al giudizio proprio». Era il dubbio sulla scelta della via che pure gli sembrava fondata nel profondo del suo cuore: la missione, il carisma, la grazia di Dio insomma a cui doveva dare la sua risposta (21 luglio 1882).
Prudentemente inviò copia ad amici: a don Cagliero e al suo prevosto, l’arciprete di Dongo, don Dell’Oro che già si stava muovendo presso il Vescovo. E il ricorso si fermò. Scrisse l’arciprete a mons. Carsana: don Guanella pensa di tornare presso don Bosco, da dove era partito a malincuore. «Io trovo nel Guanella un uomo di cuore, di gran coraggio e zelo, un uomo di iniziativa. I popolani di Pianello l’hanno come un santo e sono in gran trepidanza perché temono li abbia ad abbandonare». Gli raccomandava quindi di affidare l’opera del Coppini al nuovo parroco che avrebbe certamente accettato di fermarsi a Pianello. «Troverà questa lettera – concludeva – in casa d’un amico e confidente del Guanella, dove spero troverà sul suo conto informazioni meno sfavorevoli di quelle che si danno da altri, che lo vogliono spensierato, fanatico, pazzo, pericoloso per sé e suoi superiori, utopista, scialacquatore e peggio. Male lingue... esagerazioni per non dire calunnie. Con tutto il rispetto».
Finiva cosi, a 40 anni, la fase della ricerca e della preparazione: il Vescovo gli apriva le porte del piccolo ospizio. Cominciava l’ora della Provvidenza, ma anche della fame, fumo, freddo, fastidi, propri delle opere di Dio, fondate sulla sofferenza e sui sacrifici.